A Associação de Futebol da República Tcheca surgiu em 1901, mas como o país ainda pertencia a Tchecoslováquia, foi batizada como Federação da Tchecoslováquia de Futebol.
O país estreou em 1903 em uma partida amistosa contra a Hungria, com o nome de seleção da Bohemia. O selecionado enfrentou também a Inglaterra, além de outros jogos contras os húngaros. A Federação Tchecoslovaca, por meio de uma solicitação, pediu a afiliação da Bohemia na Fifa (em inglês), entidade máxima do futebol mundial. O pedido foi aceito e, em 1907, passou a ter plenos direitos, mesmo não se tratando de um estado independente.
A medida desagradou aos países do Império Austro-húngaro, principalmente a Áustria, que era considerada única nação que podia representar internacionalmente o regime. Um ano depois, após diversas pressões e ameaças de boicote, a Fifa voltou atrás e excluiu a Bohemia de seu quadro, afiliando a Áustria.
A organização criou o primeiro campeonato de nível nacional apenas na temporada 1911/12, mas a competição não durou muito, pois em 1917, foi interrompida devido a Primeira Guerra Mundial.
Com o fim dos conflitos e a desintegração do Império em 1922, foi constituída a Tchecoslováquia. A Federação Tchecoslovaca voltou à ativa e, em 1934, a seleção participou pela primeira vez de uma Copa do Mundo. A equipe estreante surpreendeu e se sagrou vice-campeão mundial, após ser derrotada para os donos da casa, a Itália, por 2 a 1 na decisão.
A Segunda Guerra Mundial também paralisou o futebol mundial, que, destruído pelos conflitos, levou um longo tempo para se restabelecer. Em 1954, a Tchecoslováquia se tornou um dos membros fundadores da Uefa (União das Associações Européias de Futebol), ao lado de França, Itália e Bélgica.
O novo órgão criou o mais importante campeonato entre seleções do continente, a Eurocopa e logo em sua primeira edição, a ČSSF, mais uma vez, fez boa campanha e encerrou sua participação na terceira colocação, atrás apenas da União Soviética (campeã) e da Iugoslávia (vice).
Dois anos mais tarde, em 1962, a seleção se sagrou novamente vice-campeã mundial ao chegar à final e ser derrotada pelo Brasil por 3 a 1. Na ocasião os brasileiros se sagravam bicampeões mundiais.
O principal título da seleção veio em 1976 com a conquista da Eurocopa. Na grande final, o duelo foi contra a Alemanha Ocidental, de Beckenbauer e Muller. O pais abriu 2 a 0, com Svehlik e Dobias, mas permitiu o empate alemão. Contudo, nos pênaltis, veio o sonhado título.
Quatro anos mais tarde, a seleção conquistou outro importante título, o dos Jogos Olímpicos de Moscou de 1980.
Com a dissolução da Tchecoslováquia em 1992, o futebol no país passou a ser gerido pela Federação Tcheca de Futebol (em inglês) e representada pela seleção homônima. Aproveitando o legado do antigo regime, os tchecos estrearam em 1994, e em 1996, em sua primeira disputa oficial, se sagraram vice-campeões europeus, após encerrar a Eurocopa na segunda colocação, atrás apenas da Alemanha.
A partir de então, houve uma grande reformulação no esporte nacional e a seleção não voltou a desempenhar um bom papel, só disputando uma Copa do Mundo em 2006, quando foi eliminada ainda na primeira fase. Já na Eurocopa de dois anos antes, o desempenho foi um pouco melhor e a seleção terminou entre as quatro principais do continente.